御本尊（不動明王）は、崇徳天皇の代、保延3年（1137）に真言宗中興の祖と仰がれる興教大師・覚鑁（かくばん）上人が、43歳の厄年を無事にすまされた御礼として一刀三礼敬刻され、紀州・根来寺（ねごろじ）に安置されたものです。

　その後、天正13年（1585）、豊臣秀吉勢の兵火に遭った際、根来寺の大印僧都（だいいんそうず）はそのご尊像を守護して葛篭（つづら）に納め、それを背負ってはるばる東国に下りました。そして、隅田川のほとりに有縁の霊地をさだめ、そこに堂宇を建立しました。これが現在の薬研堀不動院のはじまりです。

　その後、明治25年(1892)より川崎大師の東京別院となり現在に至っています。また、順天堂の始祖と仰がれている佐藤泰然（たいぜん）が、天保9年(1838)に和蘭（オランダ）医学塾を開講した場所でもあります。